Ders Öğretim Planı
Dersin KoduDersin AdıDersin TürüYılYarıyılAKTS
TBT-23-127BİTKİ ISLAHINDA BİLGİSAYAR PROGRAMLARI: FİLOGENETİK VE KÜMELEME ANALİZLERİSeçmeli136
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Amacı
Biyoinformatik programları kullanarak filogenetik analiz yöntemlerini ve elde edilen sonuçların yorumlanmasını, popülasyon yapılarının incelenmesini ve kümeleme analizlerini yapabilmeyi öğretmek.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Dr. Fatih DEMİREL
Öğrenme Çıktıları
1Lisans yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirme ve derinleştirme becerisi
2Alanı ile ilgili disiplinler arasındaki etkileşimi kavrama becerisi
3Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilme becerisi
4Alanındaki bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yeni bilgiler oluşturabilmek; uzmanlık gerektiren sorunları bilimsel araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme becerisi
5Alanındaki bir sorunu, bağımsız olarak kurgulamak, çözüm yöntemi geliştirmek, çözmek, sonuçları değerlendirmek ve gerektiğinde uygulayabilme becerisi
6Alanındaki uygulamalarda karşılaşacağı öngörülmeyen karmaşık durumlarda, yeni stratejik yaklaşımlar geliştirebilmek ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme becerisi
7Alanıyla ilgili bilgileri eleştirel bir gözle değerlendirebilmek, öğrenmeyi yönlendirebilmek ve ileri düzey çalışmaları bağımsız olarak yürütebilme becerisi
8Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, alanındaki ve dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme becerisi
9Sosyal ilişkileri ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla incelemek, bunları geliştirmek ve gerektiğinde değiştirmek üzere harekete geçebilme becerisi
10En az bir yabancı dilde sözlü ve yazılı iletişim kurabilme becerisi
11Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirebilmek ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirebilme becerisi
12Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözeterek bu değerleri öğretebilmek ve denetleyebilme becerisi
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Morfolojik markörler ve skorlanması, DNA markörleri ve skorlanması, Verilerin bilgisayara girilmesi, PAUP programı kullanımı, Biyoinformatik programlarının kullanımı, Bitki Tür, Çeşit ve Genotipler Arasındaki Genetik Yakınlık ve Uzaklıkların Belirlenmesi, Parsimony Analizleri ve Genetik Distance Metotlarını kullanabilme ve yorumlayabilme bilgilerinin oluşması.
Dersin İçeriği
Bu dersin alıp başarılı olan Yüksek Lisans ve Doktora öğrencileri aşağıda listelenen konularda yeterliliklere sahip olurlar; 1) DNA markörlerini ve değerlendirilmesini bilirler 2) Filogenetik analizler ile ilgili paket programları bilir 3) Parsimony analizlerini bilir 4) UPGMA ve Neighbor joining methodlarını bilir 5) Soyağaçlarının elde edilmesini ve sonuçların yorumlanmasıni bilir
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
HaftaTeorikUygulamaLaboratuvar
1Morfolojik markörler ve skorlanmasıyokyok
2Moleküler markörler ve skorlanması
3Verilerin bilgisayara girilmesi
4NTsysPc programı kullanımı
5NTsysPc programı ile temel bileşenler analizi
6PAUP programı kullanımı
7PHYLIP programı kullanımı
8Neighbor Joining ve Upgma Analizleri
9Soyağaçlarının Elde Edilmesi, Sonuçların Yorumlanması ve Sunumu
10STRUCTURE programı kullanımı
11Popülasyon Yapılarının Elde Edilmesi, Sonuçların Yorumlanması ve Sunumu.
12Bitki Tür, Çeşit ve Genotipler Arasındaki Genetik Yakınlık ve Uzaklıkların Belirlenmesi
13Parsimony Analizleri ve Genetik Distance Metodu
14Kümeleme Verilerinin Yorumlanması ve Sunumu.
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Ders kitabı: Molecular Markers in Plant Genetics and Biotechnology (D. Vienne) Yardımcı Kaynak: Molecular Evoılution and Phylogenetics (M. Nei and S. Kumar) Phylogenetic Trees Made Easy (B.G. Hall)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
Yarıyıl (Yıl) İçi EtkinlikleriAdetDeğer
Ara Sınav1100
TOPLAM100
Yarıyıl(Yıl) Sonu EtkinliklerAdetDeğer
Final Sınavı1100
TOPLAM100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri50
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri50
TOPLAM100
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Staj Durumu
yok
İş Yükü Hesaplaması
EtkinliklerSayısıSüresi (saat)Toplam İş Yükü (saat)
Derse Katılım14342
Beyin Fırtınası14342
Makale Yazma236
Bireysel Çalışma14342
Ev Ödevi14342
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)174
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

1

2

3

4

5

6

7
ÖÇ15      
ÖÇ25      
ÖÇ3 5     
ÖÇ4  5    
ÖÇ5   5   
ÖÇ6    5  
ÖÇ7     5 
ÖÇ8      5
ÖÇ95     5
ÖÇ10     5 
ÖÇ11    5  
ÖÇ12 544   
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek
 
Iğdır University, Iğdır / TURKEY • Tel (pbx): +90 476 226 13 14 • e-mail: info@igdir.edu.tr