Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS | TBT-23-127 | BİTKİ ISLAHINDA BİLGİSAYAR PROGRAMLARI: FİLOGENETİK VE KÜMELEME ANALİZLERİ | Seçmeli | 1 | 3 | 6 |
|
Dersin Seviyesi |
Doktora |
Dersin Amacı |
Biyoinformatik programları kullanarak filogenetik analiz yöntemlerini ve elde edilen sonuçların yorumlanmasını, popülasyon yapılarının incelenmesini ve kümeleme analizlerini yapabilmeyi öğretmek. |
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri |
Dr. Fatih DEMİREL |
Öğrenme Çıktıları |
1 | Lisans yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirme ve derinleştirme becerisi | 2 | Alanı ile ilgili disiplinler arasındaki etkileşimi kavrama becerisi | 3 | Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilme becerisi | 4 | Alanındaki bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yeni bilgiler oluşturabilmek; uzmanlık gerektiren sorunları bilimsel araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme becerisi | 5 | Alanındaki bir sorunu, bağımsız olarak kurgulamak, çözüm yöntemi geliştirmek, çözmek, sonuçları değerlendirmek ve gerektiğinde uygulayabilme becerisi | 6 | Alanındaki uygulamalarda karşılaşacağı öngörülmeyen karmaşık durumlarda, yeni stratejik yaklaşımlar geliştirebilmek ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme becerisi | 7 | Alanıyla ilgili bilgileri eleştirel bir gözle değerlendirebilmek, öğrenmeyi yönlendirebilmek ve ileri düzey çalışmaları bağımsız olarak yürütebilme becerisi | 8 | Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, alanındaki ve dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme becerisi | 9 | Sosyal ilişkileri ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla incelemek, bunları geliştirmek ve gerektiğinde değiştirmek üzere harekete geçebilme becerisi | 10 | En az bir yabancı dilde sözlü ve yazılı iletişim kurabilme becerisi | 11 | Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirebilmek ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirebilme becerisi | 12 | Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözeterek bu değerleri öğretebilmek ve denetleyebilme becerisi |
|
Öğrenim Türü |
Birinci Öğretim |
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler |
yok |
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar |
Morfolojik markörler ve skorlanması, DNA markörleri ve skorlanması, Verilerin bilgisayara girilmesi, PAUP programı kullanımı, Biyoinformatik programlarının kullanımı, Bitki Tür, Çeşit ve Genotipler Arasındaki Genetik Yakınlık ve Uzaklıkların Belirlenmesi, Parsimony Analizleri ve Genetik Distance Metotlarını kullanabilme ve yorumlayabilme bilgilerinin oluşması. |
Dersin İçeriği |
Bu dersin alıp başarılı olan Yüksek Lisans ve Doktora öğrencileri aşağıda listelenen konularda yeterliliklere sahip olurlar;
1) DNA markörlerini ve değerlendirilmesini bilirler
2) Filogenetik analizler ile ilgili paket programları bilir
3) Parsimony analizlerini bilir
4) UPGMA ve Neighbor joining methodlarını bilir
5) Soyağaçlarının elde edilmesini ve sonuçların yorumlanmasıni bilir |
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği |
|
1 | Morfolojik markörler ve skorlanması | yok | yok | 2 | Moleküler markörler ve skorlanması | | | 3 | Verilerin bilgisayara girilmesi | | | 4 | NTsysPc programı kullanımı | | | 5 | NTsysPc programı ile temel bileşenler analizi | | | 6 | PAUP programı kullanımı | | | 7 | PHYLIP programı kullanımı | | | 8 | Neighbor Joining ve Upgma Analizleri | | | 9 | Soyağaçlarının Elde Edilmesi, Sonuçların Yorumlanması ve Sunumu | | | 10 | STRUCTURE programı kullanımı | | | 11 | Popülasyon Yapılarının Elde Edilmesi, Sonuçların Yorumlanması ve Sunumu. | | | 12 | Bitki Tür, Çeşit ve Genotipler Arasındaki Genetik Yakınlık ve Uzaklıkların Belirlenmesi | | | 13 | Parsimony Analizleri ve Genetik Distance Metodu | | | 14 | Kümeleme Verilerinin Yorumlanması ve Sunumu. | | |
|
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar |
Ders kitabı: Molecular Markers in Plant Genetics and Biotechnology (D. Vienne)
Yardımcı Kaynak: Molecular Evoılution and Phylogenetics (M. Nei and S. Kumar)
Phylogenetic Trees Made Easy (B.G. Hall) |
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları |
|
Değerlendirme | |
Ara Sınav | 1 | 100 | TOPLAM | 100 | |
Final Sınavı | 1 | 100 | TOPLAM | 100 | Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 50 | Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 50 | TOPLAM | 100 |
| Dersin Sunulduğu Dil | Türkçe | Staj Durumu | yok |
|
İş Yükü Hesaplaması |
|
Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
Beyin Fırtınası | 14 | 3 | 42 |
Makale Yazma | 2 | 3 | 6 |
Bireysel Çalışma | 14 | 3 | 42 |
Ev Ödevi | 14 | 3 | 42 |
|
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi |
ÖÇ1 | 5 | | | | | | | ÖÇ2 | 5 | | | | | | | ÖÇ3 | | 5 | | | | | | ÖÇ4 | | | 5 | | | | | ÖÇ5 | | | | 5 | | | | ÖÇ6 | | | | | 5 | | | ÖÇ7 | | | | | | 5 | | ÖÇ8 | | | | | | | 5 | ÖÇ9 | 5 | | | | | | 5 | ÖÇ10 | | | | | | 5 | | ÖÇ11 | | | | | 5 | | | ÖÇ12 | | 5 | 4 | 4 | | | |
|
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek |
|
|
Iğdır University, Iğdır / TURKEY • Tel (pbx): +90 476
226 13 14 • e-mail: info@igdir.edu.tr
|